目前深圳还没有直达东莞的地铁;只有从深圳北站、福田站乘坐高铁然后在虎门站换乘东莞地铁2号线。

1、深圳地铁11号线与东莞3号线连接深圳地铁11号线为串联西部重要组团的市域快线，线路起于上海宾馆，经福田枢纽、南山、前海、机场、沙井，终止于松岗碧头，线路全长54.3公里，设站18座，计划在碧头站预留向东莞长安镇海悦花园站或长安步行街站换乘衔接。

2、深圳地铁6号线与东莞1号线连接深圳地铁6号线为轨道快线，起于深圳科学馆，经深圳北站、龙华、石岩、光明，终止于松岗，线路全长49 .7公里，设站26座，将在荔林站预留与东莞地铁1号线衔接的条件，东莞地铁1号线延长至深圳荔林站约8公里。

3、深圳地铁20号线与东莞2号线连接深圳地铁20号福永线，20号线定位是支撑大空港、T 4枢纽，将加强与东莞长安新区联系。远期预留至东莞2号线的条件。

4、深圳10号线穿越东莞凤岗镇线站位深圳地铁10号线起自福田口岸站至平湖中心站，全长29.9km，设车站24座，联系福田口岸、福田南、福田中心区、梅林、坂田、雪岗、平湖等深圳中部发展轴带东片。

5、深圳13号线连接松山湖、莞城深圳地铁13号线功能定位为深圳市域快线，加强后海中心、光明至莞城的快速联系，远期预留至东莞的松山湖、莞城。